Uchiha
O Clã Uchiha é famoso pelo uso do Sharingan, uma Kekkei Genkai (Linhagem Avançada). Seus membros são descendentes do filho mais velho do Eremita dos Seis Caminhos, e por isto são rivais do Clã Senju, que descende do filho mais novo. Os membros deste clã tem o poder de despertar o Sharingan, uma Kekkei Genkai que permite ao utilizador aprender qualquer ninjutsu, genjutsu e taijutsu existente, bastando ter visto esta técnica em ação anteriormente. Permite também prever um pequeno
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Senju
O Clã Senju é um Clã muito antigo, na qual seu líder era Senju Hashirama, também tinha como membros aquele que viria a ser o Segundo Hokage. Foi revelado recentemente que na verdade Konohagakure no Sato foi criado a partir da junção do Clã Senju e o Clã Uchiha, em que Uchiha Madara era o líder. Por problemas políticos Senju Hashirama, que foi nomeado o primeiro Hokage, e Uchiha Madara se enfrentaram no Vale do Fim (vale no qual Uzumaki Naruto e Uchiha Sasuke se enfrentaram), sendo que Senju Hashirama saiu vitorioso.
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Kurama
Clã originário de Konoha. Algumas gerações de membros do Clã Kurama nasceram com o incrível talento para Genjutsu. Seus genjutsus são completamente irresistíveis, tanto que somente uma pessoa de fora pode tirá-la do transe. Além do mais, o Genjutsu é tão poderoso que faz o cérebro crer que o que ocorre com a vítima no Genjutsu é real e se manifesta no corpo dela, permitindo a um membro do clã potencialmente matar seus oponentes com Genjutsu. Contudo, o usuário raramente controla a extenção total das suas habilidades, e com tal seu subconsciente irá geralmente regular esse poder, podendo surgir uma segunda personalidade que controla este poder. Esta personalidade então sobrepõe a original, transformando o indivíduo num monstro que é perigoso a todos que estiverem ao seu redor, como aconteceu com a prodígio do clã, Kurama Yakumo.
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Uzumaki
Esse Clã vem do extinto País do Redemoinho, na vila do Vórtice. A mãe de Uzumaki Naruto, Uzumaki Kushina foi trazida para Konoha para ser a segunda jinchuuriki da Kyuubi no Yoko.
Hatake
Um dos clãs pouco conhecidos em Konoha, o Clã Hatake era especialista em utilizar cães e técnicas de rastreamento, como o famoso Clã Inuzuka. Somente dois de seus membros são conhecidos: Hatake Sakumo, o Canino Branco da Folha; e Hatake Kakashi, filho de Hatake Sakumo, chamado de Guerreiro Sharingan. Diferentemente do Clã Inuzuka, o uso de cães e Nujinko no Jutsu era feito com o auxílio de pergaminhos. Isso é mostrado durante a luta entre Hatake Kakashi e Momochi Zabuza na ponte de Tazuna. Envolto pelo Kirigakure no Jutsu, Hatake Kakashi usa os Ninken (cães ninjas) por meio de invocação com um pergaminho e, aliando ao Doton, ataca com o Hijutsu Ninpou Kuchiyose • Doton: Tsuiga no Jutsu.
Hyuuga
O clã Hyūga (日向一族, Hyūga Ichizoku) é um dos clãs mais antigos e poderosos em Konohagakure. Todos os membros nascidos nesta família possuem o Byakugan, uma kekkei genkai que lhes concede um campo de visão estendido e a capacidade de ver o sistema de chakra.
Akimichi
Tudo começou em Mushroom Kingdom quando a princesa foi sequestrada por um lagarto estúpido e infantil que queria unir os dois reinos a força fazendo a princesa se casar com ele. A princesa logo foi reagatdo pelo encanador ninja, Mario que recebeu uma gorda recompensa por resgatá-la, no entanto isso estva longe de acabar, a princesa era sequestrada praticamente todos os dias, cansado e com a carreira de encanador indo pelo cano (literal e figurativamente) já que só servia de negociador do BOPE do Mushroom kingdom, Mario fugiu com a princesa e vagou pelo mundo, até chegar em Konoha, onde estabeleceu família e tentou viver tranquilamente a carreira de encanador, mas com o mundo de Naruto sempre em guerra teve de deixar o trabalho de encandor em segundo plano de novo, ao invés disso, dedicou a vida a desenvolver as técnicas de combate do clã e ganhar dinheiro com missões ninja.
Aburame
O Clã Aburame (油女閥族) é um clã de Konohagakure e luta à base de insetos, que vivem no corpo de cada membro do clã. Usando o chakra, os ninjas podem manipular esses insetos. Uma característica especial do clã é que todos os membros usam roupas similares quanto ao estilo.
Yamanaka
Embora não se tenha notícia de que não tenha sobrado quase nenhuma alma viva como aconteceu no Clã Uzumaki e Clã Uchiha, não se pode saber muita coisa sobre o Clã Yamanaka, e até hoje só apareceram, tanto no anime quanto no manga, a Ino e seu papai, mas nunca apareceu ninguém dizendo que o Clã foi exterminado, ou algo assim. O Clã Yamanaka tem origem em Hi no Kuni, que nada mais é do que Hi no Kuni
Inuzuka
O clã Inuzuka (犬冢一族, Inuzuka Ichizoku ) ou Inuzuka família (犬冢家, Inuzuka-ke ) é conhecida por seu uso deninken como a luta companheiros e são facilmente identificados pelo distintivo marcas vermelhas presas em suas bochechas.
Nara
O Clã Nara(奈良一族, Nara Ichizoku) ou Família Nara (奈良家, Nara-ke) é um clã conhecido por sua manipulação de sombras e, por cuidar de veados que, pastam em uma grande área da floresta do clã. O líder do clã atualmente é Nara Shikaku. Eles têm mantido um livro com os preparativos de medicina e os efeitos para as gerações que implicam são qualificados na área da medicina. Um dos medicamentos presentes nesse lívro são as pílulas secretas do Clã Akimichi.
Sarutobi
Konohamaru Sarutobi: é sobrinho de Asuma e neto do Terceiro Hokage, e por isto tratado de forma diferente por todos. Irritado com essa diferenciação, na qual sequer o chamam pelo nome, mas por "neto do Hokage", decide tornar-se Hokage para ser reconhecido por algum mérito seu. É treinado por Ebisu, e cria o Esquadrão Konohamaru com seus amigos. Compartilha o gosto pela criação de técnicas eróticas com Naruto.